W roku 1926, dzięki poparciu Ordżonikidze i Nestora Łakoby, został szefem zakaukaskiego OGPU, a także I Sekretarzem Komitetu Centralnego Komunistycznej Partii Gruzji, a w 1932 przywódcą organizacji partyjnej całego Zakaukazia. Członkiem Komitetu Centralnego Wszechzwiązkowej Komunistycznej Partii (bolszewików) został na XVII Zjeździe WKP(b) w 1934.
.
Zreorganizował Główny Urząd Obozów Pracy, tzw. Gułag, poprzez dużo bardziej „racjonalne” wykorzystywanie przymusowej pracy więźniów dla wypełnienia radzieckich planów gospodarczych. Ławrentij Beria nadzorował masowe deportacje narodów, w tym ponad miliona Polaków z terenów zaanektowanych przez ZSRR (1939–41). Bardzo wielu nie przeżyło wywózki. 8 września 1939 wydał rozkaz zawierający szczegółowy wykaz przygotowań niezbędnych do represyjnych działań Ludowego Komisariatu Spraw Wewnętrznych na ziemiach polskich, które miały zostać zajęte przez Armię Czerwoną5 grudnia 1939 Rada Komisarzy Ludowych, przyjęła uchwałę nr 1001-558 ss o wysiedleniu osadników z zachodnich obwodów Białoruskiej SRR i Ukraińskiej SRR. s. 36, „W rzeczywistości informacje o przebiegu deportacji napływały do sztabu na bieżąco, zwłaszcza że przed samym rozpoczęciem akcji Beria wydał polecenie przesyłania mu co dwie godziny, począwszy od godz. 18:00 10 lutego 1940 meldunków na temat toku operacji”, s.