XV wiek Po bitwie pod Grunwaldem w 1410 roku sytuacja zamku nie jest w pełni jasna. Według części przekazów mieszczanie królewieccy zajęli warownię i mogli złożyć hołd Władysławowi Jagielle, a zamki w Królewcu i Pasłęku wraz z miastami miały zostać przekazane w dzierżawę wielkiemu księciu litewskiemu Witoldowi. Inne źródła wskazują jednak, że przedstawiciele Starego Miasta pojawili się w polskim obozie pod Malborkiem dopiero na początku września i nie złożyli formalnego hołdu. We wrześniu 1410 roku zamek znajdował się ponownie lub nadal pod władzą zakonu.
Źródła z lat 1431–1438 oraz 1434 wymieniają szereg pomieszczeń zamku, m.in. zakrystię oraz pomieszczenia określane jako mała i dolna izba.
W 1454 roku, na początku wojny trzynastoletniej, zamek został bez walki zajęty przez Związek Pruski. W trakcie działań rozebrano część domu głównego oraz południowy mur przedzamcza. W następnym roku, po trzymiesięcznym oblężeniu, zakon odzyskał zarówno zamek, jak i Stare Miasto.
W 1457 roku, po przejęciu Malborka przez króla Kazimierza IV Jagiellończyka, wielki mistrz Ludwig von Erlichshausen przeniósł swoją siedzibę do Królewca. Od tego czasu zamek stał się główną rezydencją zwierzchników zakonu w Prusach.