Wtedy też powstał pierwszy w Królestwie Polskim dom zakonny franciszkanów-obserwantów; wzniesiono go na Stradomiu. By nie pomylić nowych franciszkanów ze starymi, konwentualnymi, zaczęto powszechnie używać nazwy bernardyni – od imienia patrona nowej gałęzi – św. Bernardyna ze Sieny.
Kolejny dom zakonny został ufundowany kilka lat później we Lwowie. Nowy zakon szybko zyskał popularność, konkurując z dominikanami i jezuitami.
W 1460 starosta lwowski, wojewoda ruski i podolski Andrzej Odrowąż ofiarował bernardynom plac przed Bramą Halicką, pomimo początkowych oporów arcybiskupa lwowskiego Grzegorza z Sanoka. Bernardyni rozpoczęli wznoszenie kompleksu kościelno-klasztornego, który miał się stać ich największym klasztorem na Rusi. Kościół dedykowano św. Andrzejowi Apostołowi i św. Bernardynowi ze Sieny. Jednym z celów zakonu była praca misyjna wśród wyznawców prawosławia. Spowodowało to w efekcie odwet ze strony Rusinów, którzy w 1464 spalili kościół.
W klasztorze bernardyńskim ostatnie lata swego życia (1463–1484) spędził Jan z Dukli. Tam też spoczęły jego relikwieW 1733 papież Klemens XII ogłosił Jana z Dukli błogosławionym a papież Jan Paweł II kanonizował go w Krośnie 10 czerwca 1997..