Ochrona jest najskuteczniejsza, jeżeli wirus zawiera w sobie jakiś bardzo specyficzny napis lub ciąg bajtów.
Wraz z pojawieniem się wirusów polimorficznych, znaczenie skanerów w pewnym stopniu zmalało, jednak nadal jest to najważniejsza metoda walki z wirusami. Wirusy polimorficzne są trudne do wykrycia, gdyż ich różne próbki nie wyglądają tak samo. Często dwie próbki danego wirusa nie mają ze sobą nic wspólnego. Polimorfizm może być osiągnięty poprzez zakodowanie ciała wirusa. W przypadku tych wirusów również używa się skanera, choć dopiero w późniejszej fazie wykrywania.
Monitory Monitor to program antywirusowy zainstalowany jako TSR () lub sterownik SYS, który – poprzez monitorowanie odpowiednich funkcji DOS i BIOS – pozwala na wykrywanie wszystkich wykonywanych za pomocą tych funkcji odwołań do dysków. To, czy monitor będzie działał prawidłowo, zależy często od momentu, w którym przejął on kontrolę nad systemem (przed działaniem wirusa, czy już po) oraz od tego, jak głęboko wnika on w system operacyjny. Autorzy programów antywirusowych muszą korzystać z metod podobnych do tych, które stosują twórcy wirusów. Dużą wadą programów monitorujących jest to, że powodują one często fałszywe alarmy.