Niekiedy zdarza się, że użytkownik po kolejnym potwierdzeniu jakiejś zwykłej operacji dyskowej staje się mniej uważny i nawet usuwa program antywirusowy z pamięci.
Szczepionki Są to programy skierowane przeciwko konkretnym wirusom. Na podstawie posiadanego lub wykrytego egzemplarza wirusa można, po odpowiedniej analizie jego kodu, zdefiniować tzw. sygnatury, na podstawie których wykrywa się kolejne kopie wirusa w systemie. Dokładna analiza kodu wirusa pozwala niekiedy odnaleźć w nim oryginalne wartości pewnych parametrów, które mogą posłużyć do wyleczenia plików. Większość z istniejących szczepionek to rozbudowane programy, które potrafią wykryć i usunąć kilka tysięcy określonych wirusów. Tylko w przypadkach nowych wirusów szczepionki nie są efektywne.
Programy autoweryfikujące Programy te pozwalają sprawdzić, czy dany program nie został w jakiś sposób zmodyfikowany przez wirusa. Weryfikację tę umożliwia dodanie do wskazanego pliku określonego krótkiego programu. Dodawany kod dopisuje się do pliku, wykorzystując te same mechanizmy co wirusy, i zapewnia on mechanizm autoweryfikacji, czyli samoczynne sprawdzanie danego programu pod kątem modyfikacji.