Ich działanie polega na obliczaniu sum kontrolnych żądanego pliku lub plików. Wyznaczone sumy kontrolne są przechowywane w osobnych plikach, tworzonych po pierwszym uruchomieniu programu. Jeżeli pliki te istniały już wcześniej, program antywirusowy wykorzystuje dane w nich zawarte, aby porównać bieżąco wyliczoną sumę, z sumą poprzednio zapisaną w pliku.
Programy te najczęściej nie są zdolne do zwalczania wirusów wykorzystujących technikę ukrywania swojego kodu. Wadą metody autoweryfikacji jest także to, że pliki przechowujące obliczone sumy kontrolne nie są chronione, a dzięki znajomości wielu algorytmów stosowanych przez programy antywirusowe, niektóre wirusy potrafią zainfekować określony plik i obliczyć dla niego nową sumę kontrolną.
Kwarantanna Wykonywalne pliki dokonujące podejrzane czynności trafiają do kwarantanny, gdzie zostają odizolowane od systemu plików – umożliwia to ich naprawę (usunięcie szkodliwego kodu) lub bezpieczne usunięcie całości, a wirus nie ma już możliwości powielania się.