Ekstraklasy, przegrywając w decydującym meczu z Piastem Gliwice 0:3. 26 kwietnia 2013 – właściciel klubu rozwiązał umowę z trenerem Jurijem Szatałowem, za porozumieniem stronJurij Szatałow nie jest już trenerem Zawiszy Bydgoszcz!. 27 kwietnia 2013 – nowym trenerem Zawiszy został Ryszard Tarasiewicz. 8 czerwca 2013 – Zawisza zdobył awans do Ekstraklasy po 19 latach gry w niższych ligach. 2 maja 2014 – Zawisza zdobył swój pierwszy w historii klubu Puchar Polski wygrywając w finale z Zagłębiem Lubin po serii rzutów karnych (6:5). Mecz odbywał się na Stadionie Narodowym w Warszawie, na którego trybunach zasiadło 37 120 kibiców. 3 czerwca 2014 – Ryszard Tarasiewicz nie przedłużył kontaktu z Zawiszą i 30 czerwca rozstał się z klubem. 9 lipca 2014 – Zawisza zdobył swój pierwszy w historii klubu Superpuchar Polski wygrywając z Legią Warszawa 3:2. Mecz odbył się na Stadionie Wojska Polskiego w Warszawie, na którego trybunach zasiadło 11 826 kibicówSuperpuchar Polski na żywo Przegląd Sportowy. 9 czerwca 2016 – Komisja Licencyjna PZPN nie przyznała Zawiszy licencji na rozgrywki pierwszoligowe, a następnie drugoligowe i klub został zdegradowany z I ligi do klasy B, gr. Bydgoszcz III (najniższa liga w województwie kujawsko-pomorskim).