Zawisza po nie przyznaniu licencji w 2016 roku. Gdy 9 czerwca 2016 roku Komisja Licencyjna PZPN nie przyznała Zawiszy licencji na rozgrywki pierwszoligowe, a następnie drugoligowe i klub został zdegradowany z I ligi do klasy B, gr. Bydgoszcz III (najniższa liga w województwie kujawsko-pomorskim), Zawisza zaczął żmudną odbudowę klubu.
W sezonie 2016/17 spadkobierca Wojskowego Klubu Sportowego w Bydgoszczy zaczął swój pierwszy sezon w B klasie (8 poziom rozgrywkowy w Polsce) i od razu awansowali klasę wyżej po czym zaczęto fetę z kibicami.
Sezon po sezonie mały|right|Historia występów Zawiszy Bydgoszcz w rozgrywkach ligowych