7,9 mm MG 17 (D-1), Amunicja: po 500 naboi na km w kadłubie, po 420 naboi na km w skrzydle; Osiągi prędkość maksymalna: 499 km/h na wysokości 3000 metrów przelotowa: 350 km/h wznoszenie: 15 m/s pułap: 8100 m zasięg: 690 km Załoga: 1
Bf 109 E Emil thumb|Messerschmitt Bf 109 E thumb|Bf 109 E w muzeum w Monachium thumb|Bf 109 G-2 w Muzeum w São Carlos, Brazylia thumb|Bf 109 E i Ju 87 B w 1941 r. Kolejną wersją bojową był najliczniej produkowany Bf 109E (Emil), napędzany silnikiem Daimler-Benz 601A, sprawdzony na modelach V10 i V11. W późniejszym okresie montowano także silnik Daimler-Benz 601N. Oba silniki miały bezpośredni wtrysk paliwa, co pozwalało na utrzymanie obrotów silnika również podczas przeciążeń i lotów odwróconych. Prędkość maksymalna wzrosła do 550 km/h na wysokości 4500 metrów (wersja E-1). Silnik o większej mocy wymusił zabudowę w Bf 109 E większego zbiornika paliwa i trójłopatowego, metalowego śmigła. Samoloty Bf 109E miały dwie chłodnice glikolu umieszczone pod skrzydłami i chłodnicę oleju montowaną w osłonie silnika. Zwiększono zapas amunicji z 500 do 1000 naboi na km kadłubowy i z 420 do 500 naboi na km skrzydłowy. Podstawowym uzbrojeniem Bf 109E były cztery karabiny MG 17 (wersja E-1) albo dwa karabiny MG 17 w kadłubie i dwa działka MG FF 20 mm w skrzydłach (wersja E-3).