Zbudowano około 320Mark Sołonin, Na uśpionych lotniskach, Rebis, Poznań 2009, s. 350, podaje liczbę 360. samolotów, z czego do jednostek bojowych Luftwaffe dostarczono 279 sztuk.
Latem 1944 r. opracowano wersję szkolną oznaczoną Me 163S. Standardowy Me 163B został pozbawiony silnika, a w miejscu głównego zbiornika paliwa zamontowano kabinę instruktora. Brak jest informacji o ilości wyprodukowanych egzemplarzy.
Prace rozwojowe były kontynuowane w dalszym ciągu, skupiano się na wydłużeniu czasu lotu. Opracowano nową wersję silnika, oznaczoną 509 C-1, która była wyposażona w dwie komory spalania – główną (ciąg 17 kN) i pomocniczą (ciąg 3 kN). Komora główna służyła do startu i nabrania wysokości, w dalszej części lotu pilot przełączał silnik na komorę pomocniczą. Ta modyfikacja pozwalała wydłużyć czas lotu do 12 minut. Tak zmodyfikowany silnik zamontowano w dwóch przedseryjnych samolotach serii B – Me 163B V6 i V18. 6 lipca 1944 r. pilot doświadczalny Rudolf Opitz na egzemplarzu V18 osiągnął prędkość 1130 km/h. Na podstawie doświadczeń z nowym silnikiem opracowano wersję rozwojową – Me 163C charakteryzującą się powiększonym skrzydłem i centropłatem oraz kroplową osłoną kabiny pilota. Zbudowano 3 prototypy (V1, V2 oraz V3) z których jeden oblatano.