Prototypy zniszczono aby nie zostały zdobyte przez oddziały Armii Czerwonej.
Na przełomie wiosny i lata 1944 r. opracowano prototyp Me 163D V1 o wydłużonym o 85 cm kadłubie, skrzydłami z automatycznymi slotami oraz trójkołowym podwoziu. Prace konstrukcyjne były kontynuowane w zakładach Junkersa jako Ju 248, a następnie jako Me 263.
W 1944 r. samolotem zainteresowała się japońska misja wojskowa w Niemczech, która zakupiła licencję na płatowiec Me 163 B i silnik rakietowy Walter-509. Zakupiony sprzęt wysłano do Japonii niemieckimi okrętami podwodnymi. Na skutek zatopienia jednego z nich do celu dotarł jedynie silnik i uproszczona dokumentacja techniczna płatowca. W Instytucie Lotnictwa Marynarki w Yokosuce zaadaptowano silnik do użytku w opracowanym płatowcu Mitsubishi J8M1 Shūsui. 7 lipca 1945 r. podczas oblotu pierwszego prototypu samolot uległ rozbiciu, a kmdr Toyohiko Inusuka zginął. Dalszych prac nie kontynuowano z powodu kapitulacji Japonii.