Po testach wyposażono w takie uzbrojenie 12 myśliwców Me 163B.
Myśliwce Me 163B Komet weszły do akcji przeciwko formacjom bombowców amerykańskich B-17 Flying Fortress nadlatujących nad teren III Rzeszy, używane były często do obrony lotnisk.
We wrześniu 1944 JG 400 dysponował 19 maszynami typu Me 163, w tym 11 było zdolnych do służby. Cała Luftwaffe posiadała w tym czasie ponad 100 myśliwców Me 163, jednak brakowało jej odpowiednio wyszkolonych pilotów.
Wysoka prędkość Me 163 dawała pilotowi przewagę nad alianckimi myśliwcami, ale równocześnie utrudniała skuteczny ostrzał, co powodowało, że niewiele ataków kończyło się powodzeniem. Ponadto samolot charakteryzował się niewielkim zasięgiem, toteż po zidentyfikowaniu lotnisk używanych przez ten typ samolotu alianci mogli ich po prostu unikać.
Ostatecznym ciosem dla Me 163 było zbombardowanie we wrześniu 1944 miast Leverkusen i Ludwigshaven, gdzie wytwarzano paliwo C-Stoff. Produkcja została znacząco ograniczona, a ponieważ wyższy priorytet przyznano pociskom Fi 103 (również korzystającym z tego paliwa), znaczniejszych operacji z wykorzystaniem Me 163 nie wznowiono już do końca wojny.