Użycie bojowe Dla potrzeb szkolenia i sformowania jednostki bojowej wyposażonej w Me 163 wyznaczono lotnisko w okolicy wsi Zendek i Mierzęcice (obecne lotnisko Katowice-Pyrzowice). Utworzono tam Erprobungskommando 16 (16. Oddział Doświadczalny). Następnie na bazie Erganzugstaffel Jagdgeschwader 400 (I/JG 400), czyli dodatkowego oddziału pułku myśliwskiego 400 zorganizowano w maju 1944 jednostkę szkoleniową. Pierwsze samoloty dostarczono do niej w lipcu 1944. 28 lipca pięć Me 163 z tej jednostki wzięło udział w akcji przeciwko amerykańskim bombowcom, jednak nie zestrzeliły one żadnego samolotu.
Pierwszy i największy sukces w walce z wrogimi bombowcami Me 163 odniósł 24 sierpnia 1944. Osiem maszyn zaatakowało wówczas formację 185 latających fortec, zmierzających nad rafinerię w Merseburgu. Cztery z nich udało się Niemcom zestrzelić kosztem dwóch uszkodzonych Me 163.
We wrześniu sformowano dwie eskadry – 13. dowodzoną przez porucznika Adolfa Niemeyera i 14. dowodzoną przez porucznika Mano Zieglera oraz zalążek 15. eskadry. Jesienią 1944 roku przeprowadzono loty testowe Me 163 z podwieszonymi pod skrzydłami pociskami rakietowymi R4/M kalibru 55 mm klasy powietrze–powietrze. Samoloty wyposażono w 12 wyrzutni szynowych, po 6 pod każdym skrzydłem.