Postęp projektu był wielokrotnie opóźniany przez brak funduszy i sprzeciwy władz, zarzucające nieopłacalność nowej konstrukcji.
Podczas prac konstrukcyjnych, ze względu na wzrastającą masę projektowanego równolegle silnika, postanowiono przebudować płatowiec na maszynę o skośnych skrzydłach. Najpierw rozważano konstrukcję płatów ze skosem tylko zewnętrznych ich części, ale ostatecznie postanowiono zastosować całkowicie skośne skrzydła. Pierwszy prototyp samolotu został ukończony zanim silniki odrzutowe były gotowe, dlatego też pierwszy lot Me 262 V1 odbył się 18 kwietnia 1941 z konwencjonalnym silnikiem Junkers Jumo 210G o mocy 700 KM zamontowanym na dziobie maszyny. Docelowe silniki odrzutowe BMW 003 były gotowe do zamontowania w płatowcu dopiero w listopadzie, a pierwszy lot prototypu V2 z dwiema jednostkami napędowymi tego typu i dodatkowo silnikiem tłokowym Jumo 210G odbył się 25 marca 1942.
Silniki samolotu wyposażone były w sprężarki osiowe, które w układzie wielostopniowym są sprawniejsze (większy spręż) i mają mniejszą średnicę niż sprężarki promieniowe.