W 1856 roku powrócił na Wołoszczyznę razem ze swoim bratem – w późniejszym czasie jednym z jego największych politycznych adwersarzy.
W 1858 roku wziął ślub z Pią Pleșoianu.
Za rządów Cuzy i w opozycji thumb|300px|Karykatura antydynastyczna, opublikowana w „Ghimpele” w 1872 r. Lewy obrazek: Aleksander Jan Cuza zdradzony przez Iona Brătianu; prawy obrazek: Karol I, wspierany przez Ottona von Bismarcka i Brătianu, umacnia niemieckie wpływy i przywileje. Opowiadał się za zjednoczeniem Mołdawii i Wołoszczyzny, będąc członkiem ugrupowania Partida Națională. W czasie rządów Aleksandra Jana Cuzy (1859–1866), Brătianu był jednym z najbardziej prominentnych liderów liberalnych. Sprzeciw wobec reformy rolnej ze strony księcia (Domnitora) zjednoczyła przeciwko niemu zarówno liberałów, jak i konserwatystów. Sojusz ten zmusił wspierający go rząd aby podał się do dymisji w maju 1864 r. Nowa koalicja dwóch największych ugrupowań, nazywana monstrualną koalicją, opowiedziała się za usunięciem Cuzy z tronu. Brătianu brał w tym udział, jak również w wyborze Karola von Hohenzollern-Sigmaringen na nowego władcę. Za jego panowania w ciągu następnych czterech lat kilka razy był ministrem różnych resortów.