Dodatkowe uzbrojenie miały stanowić działka MK 103, ale ze względu na niegotowość opartego na tym działku zestawu uzbrojenia, żaden samolot w tej wersji nie został wyprodukowany. Me 410 A-3 Aufklärer – wersja rozpoznawcza powstała ze względu na małe możliwości zestawu konwersyjnego Me 410 A-1/U1. W celu zmieszczenia drugiej kamery fotograficznej usunięto dwa karabiny maszynowe MG 17 kalibru 7,92 mm z części dziobowej i zmodyfikowano linię dolnej części kadłuba. W miejsce komory bombowej zainstalowano 2 kamery Rb 20/30, Rb 50/30 lub Rb 75/30. Me 410 A-3 weszły do służby w ograniczonej liczbie egzemplarzy na początku 1944 roku i zasiliły jedną jednostkę na froncie zachodnim i dwie na wschodnim. Me 410 B-1 – standardowa wersja produkowana od kwietnia 1944 roku, następca Me 410 A wyposażony w nowe, mocniejsze silniki Daimler-Benz DB 603AA w układzie odwróconego V o mocy 1670 KM (1227 kW) każdy. W późniejszym okresie silniki wymieniano na mocniejsze (1900 KM) Daimler-Benz DB 603G. Wymiary zewnętrzne nowej wersji były identyczne jak Me 410 A-1/U2. Masa własna nowego samolotu 7982 kg, a startowa 11237 kg. Prędkość maksymalna wzrosła do 630 km/h na pułapie 8100 m.