Ze względu na identyczne wymiary i możliwości przenoszenia uzbrojenia Me 410 B-1 całkowicie zastąpił wersję A stając się podstawowym szybkim bombowcem. Me 410 B-2 – odpowiednik serii Me 410 A-2 Zerstörer, występował w wielu wariantach. Uzbrojenie strzeleckie stanowiły po 2 działka MK 103 i MG 151/20, oraz 4 karabiny maszynowe MG 131. Me 410 B-2/U2 – fabryczny zestaw konwersyjny zmieniający Me 410 B-2 w myśliwiec wyposażony w dodatkowe uzbrojenie strzeleckie, dwa działka MG 151/20 kalibru 20 mm z zapasem amunicji po 250 sztuk na działko, zamontowane na platformie Waffenbehalter umieszczonej w komorze bombowej (taki sam zestaw jak dla Me 410 A-1/U2). Me 410 B-2/U4 – fabryczny zestaw konwersyjny zmieniający Me 410 A-2 w myśliwiec przechwytujący do niszczenia bombowców.