Pierwszy lot prototypu He 162 V1 miał miejsce już 6 grudnia 1944 roku.

Podczas tak szybkiego procesu projektowego nie ustrzeżono się błędów konstrukcyjnych, z których jeden zaowocował rozbiciem się prototypu podczas pokazu 10 grudnia, na skutek zbyt słabego kleju użytego w skrzydłach. Tak więc prace nad He 162 kontynuowano, cały czas poprawiając konstrukcję i właściwości lotu. Szczególnym problemem okazało się zachowanie samolotu przy niskich prędkościach. Powstały ogółem 42 samoloty oznaczone jako prototypowe, przeznaczone do różnych prób (oznaczone He 162 V1 i od M2 do M42).

Do czasu uporania się ze wszystkimi problemami stało się jasne, że wojna chyli się ku końcowi. Niemniej jednak ambitny program produkcji myśliwca był kontynuowany, w kilku fabrykach, i do końca zmagań wojennych ukończono produkcję 275 myśliwców, a około 500 było na różnych etapach produkcji. Z tego oblatano tylko 171, a z nich lotnictwo odebrało oficjalnie 116 sztuk, a faktycznie jeszcze 50.

Użycie Pierwsze 46 egzemplarzy seryjnych He 162A lotnictwo niemieckie Luftwaffe odebrało w lutym 1945 roku.