Zaszczyt jego stworzenia przypadł Ernstowi Zindelowi, o amerykańskich konstruktorach pracujących przy projekcie nie wspomniano. W szóstym prototypie (Ju-88 V6) zastosowano pojedyncze golenie z amortyzatorami wykonanymi ze sprężyn (nie z olejowymi, które montowano we wcześniejszych wersjach). Amortyzatory sprawiały się doskonale dzięki spłaszczonemu profilowi, pozwalającemu na bezawaryjne działanie nawet przy dużym obciążeniu. Podwozie było chowane hydraulicznie, a koła obracały się o 90° i w komorach leżały w pozycji poziomej, dzięki czemu mogły mieć znacznie większą średnicę. Zastosowanie opon niskociśnieniowych pozwoliło na prowadzenie operacji z podmokłych lub piaszczystych lądowisk, pomimo iż masa samolotu wzrosła dwukrotnie w stosunku do prototypu V1. Gondole silnikowe kryjące komory podwoziowe stały się smuklejsze i zmniejszył się ich opór. Z czasem podwozie wymagało niewielkich udoskonaleń, ale w 1940 było to znakomite osiągnięcie inżynieryjne.
Wersje samolotu W połowie 1939 ruszyła produkcja seryjna. Ju 88 miał się stać standardowym samolotem Luftwaffe i zaplanowano do marca 1943 wyprodukowanie 8300 maszyn, co już wkrótce musiało być skorygowane z powodu braków materiałowych i zdolności produkcyjnych.