Pierwsze Ju 88 A-1 dostarczono do jednostek we wrześniu 1939.
Seria Ju-88A thumb|Ju 88A nad frontem wschodnim, 25 września 1941 roku Ju-88A-1: rozpiętość 18,37 m, dwa silniki Jumo 211B-1 o mocy 895 kW każdy; Ju-88A-2: silniki Jumo 211 G-1 i rakiety skracające start; Ju-88A-3: dwuosobowy samolot szkolny; Ju-88A-4: rozpiętość 20 m, silniki Jumo 211J-1 lub J-2 o mocy 1000 kW każdy; Ju-88A-5: identyczny z wersją A-4, lecz z silnikami jak we wcześniejszych wersjach; Ju-88A-6: podobny do wersji A-5, ale wyposażony w zderzak przeciwbalonowy oraz noże tnące liny w zaporze balonowej; Ju-88A-6/U: zmodyfikowany, zdjęto z niego zderzak przeciwbalonowy, a załogę zmniejszono do trzech osób, zamontowano radar Höhentwiel oraz odrzucane zbiorniki paliwa, zastosowano silniki Jumo 211J; Ju-88A-7: podobny do wersji A-5, lecz z silnikami Jumo 211H i układem sterowania dla dwóch pilotów; Ju-88A-8: wersja trzymiejscowa z silnikami Jumo 211F i nożami do przecinania lin balonowych; Ju-88A-9: wersja przystosowana do działań w warunkach pustynnych oparta na samolotach A-1 wyposażonych w dodatkowe filtry powietrza, pakiet ratowniczy, osłony przeciwsłoneczne, itd.; Ju-88A-10: wersja pustynna A-5; Ju-88A-11: wersja pustynna A-4; Ju-88A-12: samolot szkolny oparty na pozbawionej uzbrojenia, dolnej gondoli i hamulców aerodynamicznych wersji