. W rezultacie tej wojny cywilna administracja ułusu przeszła w ręce Ałgu, a ponadto opanował on Bucharę i Samarkandę, które to fakty zostały zalegalizowane przez potrzebującego poparcia w konflikcie z bratem Kubiłaja. Dopiero od tego momentu możemy mówić o istnieniu chanatu Czagataidów.
thumb|350px|Chanat czagatajski pod koniec XIII wieku
Po stronie Kajdu Następca Ałgu, Mubarak Szah (1266), był synem Organy z jej małżeństwa z Kara Hülëgü i pierwszym Czagataidą, który przyjął islam. Został on jednak obalony przez Baraka (1266–1271), którego Kubiłaj wysłał żeby z nim współrządził. Barak wkrótce zerwał z Wielkim Chanem, musiał jednak stawić czoło innemu mongolskiemu chanowi walczącemu z Kubiłajem, potomkowi Ugedeja Kajdu (zm. ok. 1303), który żądał podporządkowania się jego władzy. Dzięki posiłkom ze Złotej Ordy Kajdu pokonał Baraka i na kurułtaju w Azji Środkowej w roku 1269, na którym został obwołany Wielkim Chanem przez przeciwników Kubiłaja, uzyskał od Baraka uznanie swojej władzy oraz zrzeczenie się na swoją rzecz wszystkich posiadłości oprócz dwóch trzecich Mawarannahru.