Barak wdał się następnie w wojnę z Ilchanidami, został jednak 22 lipca 1270 roku rozgromiony przez Abakę (1265–1282) w bitwie pod Heratem, a Kajdu odmówił mu swego poparcia wobec wzbierającej przeciwko niemu rebelii lub wręcz zabił (źródła są sprzeczne). Następcą Baraka był Negübej (1271–1272), którego Kajdu wkrótce zastąpił Buka Temürem (1272–1282). Władza tych Czagataidów była słaba. W roku 1273 miało miejsce znamienne wydarzenie – Abaka zdobył i splądrował Bucharę, a przybyłe po tym wydarzeniu wojska Czagataidów, które pierwotnie miały bronić miasta, dokończyły dzieła rabunku. W roku 1276 Czagataidzi i Ilchanidzi zjednoczyli swe siły w ponownym rabunku miasta, które po tym wydarzeniu miało być przez siedem lat niezamieszkane.
Długie panowanie Duwy (ok. 1282–1307) stało pod znakiem współdziałania z Kajdu. Walki toczyły się przez wiele lat i pozostały nierozstrzygnięte, jednak z punktu widzenia Czagataidów oprócz wspomnianych wyżej klęsk przyniosły im także pewne zdobycze terytorialne. Duwa towarzyszył Kajdu w jego inwazjach na terytoria Ilchanidów w latach 1288, 1291 i 1295/1296, które pozwoliły mu zagarnąć pastwiska leżące na południe od Amu Darii.