Przyczyny Głównymi przyczynami wskazanymi przez raport brazylijski oraz amerykański był szereg zaniedbań popełniony przez pracujących tego dnia kontrolerów oraz błąd pilotów Embraera. Prawdopodobnie pierwszy oficer Embraera Legacy 600 na wysokości 37000 omyłkowo stopą (Znajdującą się na podnóżku w kokpicie) trącił przełącznik trybu transpondera w tryb „”, z tegoż to powodu transponder przestał wysyłać informacje oraz zniknął z radarów kontrolerów, samolot nie posiadał ostrzeżenia EICAS, które ostrzegałoby o złej konfiguracji transpondera, obecnie takie ostrzeżenie to „TCAS OFF” lub „Transponder STBY”.

Kontroler pracujący wtedy na zmianie kilkukrotnie próbował skontaktować się z pilotami Embraera, następnie powrócił do pracy ignorując utratę kontaktu z maszyną (Piloci Embraera nie mogli słyszeć kontrolera), było to pogwałcenie procedur nakazujących w takiej sytuacji ogłoszenie sytuacji zagrożenia oraz przekierowanie ruchu obok maszyny z którą utracono kontakt. Ponieważ kontroler nie dokonał tego, samoloty dalej znajdowały się na kursie kolizyjnym.

Obie maszyny były wyposażone w systemy TCAS, jednakże z powodu tego, że TCAS samolotu Embraera był wyłączony, TCAS Boeinga nie mógł wykryć samolotu Embraera i nie ostrzegł pilotów.