Rozwój Ju 288 w ramach programu „Bomber B” był prawdopodobnie najdroższym projektem rozwojowym Luftwaffe. Od połowy 1939 do połowy 1944 zainwestowano 84 miliony marek niemieckich w rozwój i budowę modeli do testów. Pierwsze cztery z nich z powodu niedostępnych jeszcze zaplanowanych silników Jumo 222 wyposażono w silniki BMW 801. Następne egzemplarze posiadały silniki Jumo 222, lub DB 610. Po osiągnięciu zdolności produkcji seryjnej wersji Ju 288 C-1 z silnikami DB 610, wstrzymano dalsze prace nad projektem.
Wersje Ju 288 A Wykorzystano płaty skrzydeł i kadłub Ju 88. Przednia część kadłuba została zaprojektowana od nowa. Trzyosobowa załoga została rozlokowana blisko siebie w przedniej części w hermetycznej kabinie. Z powodu kłopotów z silnikami Jumo 222 wyposażono ją w słabsze silniki BMW 801.
Ju 288 B Z powodu zmieniających się wymagań walk powietrznych zwiększono załogę do czterech osób i z tego powodu wystąpiła konieczność nowego zaprojektowania kabiny w części przedniej kadłuba, co doprowadziło do powstania wersji Ju 288 B. W części ogonowej zaprojektowano zdalnie kierowaną wieżyczkę z karabinami maszynowymi.