W 1939 roku Lufthansa ponownie zwróciła się do Junkersa o przygotowanie projektu nowej konstrukcji. W lipcu zespół konstrukcyjny kierowany przez Konrada Eicholtza przedstawił projekt noszący oznaczenie Ju 252, całkowicie odmienny od E77. Samolot, wg założeń projektowych, był wyposażony w ciśnieniową kabinę pasażerską dla 21 osób, osiągał prędkość 350 km/h i miał zasięg 1500 km przy masie startowej 18 000 kg. Na wniosek Lufthansy samolot został dostosowany do przewozu 35 osób oraz wyposażony w hydraulicznie poruszaną tylną rampę załadowczą, testowaną wcześniej w samolocie Ju 90. Opuszczenie rampy powodowało podniesienie ogona samolotu i umożliwiało wjazd na pokład pojazdów. Otwarcie rampy w czasie lotu pozwalało na bezpieczny zrzut skoczków spadochronowych. Rozwiązanie to w późniejszym czasie stało się standardem w samolotach transportowych. Firma Junkers uzyskała zamówienie na budowę trzech prototypów. Pierwszy, Ju 252V1 (D-ADCC), został oblatany w październiku 1941 roku i był wyposażony w silniki Jumo 211F. Zimą oblatano kolejne prototypy oznaczone jako Ju 252V2 i V3. Wiosną oblatano kolejny egzemplarz noszący oznaczenie Ju 252V4, który stał się wzorcem do produkcji seryjnej.