Z uwagi na ogłoszenie przez III Rzeszę wojny totalnej produkcja, w tym lotnicza, została dostosowana do zapotrzebowania niemieckiego wojska. Ju 252 został dostarczony Luftwaffe w wersji transportowej, wyposażony w uzbrojenie obronne. Składało się z karabinu maszynowego MG 131 w grzbietowej wieżyczce oraz dwóch karabinów maszynowych MG 15 zamontowanych w oknach kabiny transportowej.
Przedsiębiorstwo Junkers opracowało kilka wariantów rozwojowych konstrukcji: wyposażone w silniki gwiazdowe BMW-Bramo 323R-2, wodnosamolot, samolot na podwoziu nartowym i inne. Nie uzyskały one akceptacji RLM, które poszukiwało oszczędności poprzez unifikację produkcji i wykorzystanie w konstrukcji materiałów bez znaczenia strategicznego (np. drewna). Ostatecznie wyprodukowano 11 egzemplarzy seryjnych, oznaczonych jako Ju 252A-1, które nosiły też oznaczenia prototypowe od V5 do V15.
Na bazie Ju 252 wyposażonego w silniki BMW-Bramo 323R-2 opracowano w 1943 roku samolot transportowy Junkers Ju 352.