Po swojej koronacji lub krótko przed nią Stefan I utworzył pięć biskupstw: w Veszprémie, Győr, Vác, Kalocsy i w Bihar oraz arcybiskupstwo w Ostrzyhomiu (węg. Esztergom). W ten sposób węgierski monarcha chciał powołać do życia węgierską organizację kościelną, która byłaby niezależna od biskupstw niemieckich. Ponadto Stefan I dokonał podziału administracyjnego terytorium swojego królestwa dzieląc je na komitaty (łac. comitatus, węg. megye).
Stefan I walczył z pogaństwem i umacniał wiarę chrześcijańską nie tylko siłą oręża, ale również poprzez wprowadzanie różnego rodzaju przepisów prawa. W początkach swojego panowania wydał rozporządzenie, w którym na każde dziesięć wsi nakładano obowiązek budowy kościoła. Na jego prośbę do Węgier przybyli duchowni katoliccy z innych krajów. Ich celem miało być nawracanie Węgrów na wiarę Chrystusową. Benedyktyn Anastazy-Astryk został doradcą króla, a Św. Gerard Sagredo nauczycielem królewskiego syna, Emeryka (węg. Imre).