Znaleziska archeologiczne wskazują na dalsze osadnictwo i wykorzystywanie miejscowych zasobów soli, jednak rozmiary i organizacja eksploatacji w okresie rzymskim są słabiej rozpoznane niż w epoce brązu i żelaza.
W średniowieczu Hallstatt należał do dóbr monarszych i rozwijał się jako osada związana z państwową gospodarką solną. W 1311 roku książę austriacki nadał miejscowości prawa targowe. Górnictwo, warzelnictwo i transport soli były kontrolowane przez władców Austrii, a lokalna społeczność pozostawała w znacznej mierze zależna od administracji salinarnej.
Ograniczona przestrzeń i utrudniony dostęp lądowy wpływały na formę zabudowy. Domy wznoszono na wąskim pasie brzegu, na tarasach oraz wzdłuż dróg prowadzących na Salzberg. Transport soli odbywał się przez jezioro i dalej rzeką Traun, stanowiącą część szlaku łączącego Salzkammergut z pozostałymi ziemiami habsburskimi.
Czasy nowożytne W XVI wieku w Hallstatt i innych miejscowościach Salzkammergutu rozpowszechniła się reformacja. Mimo działań kontrreformacyjnych znaczna część mieszkańców zachowała luteranizm w formie tzw. tajnego protestantyzmu. Dopiero Patent tolerancyjny cesarza Józefa II z 1781 roku umożliwił utworzenie legalnej wspólnoty ewangelickiej.