W bocznych pomieszczeniach synagogi mieściły się także: szkoła religijna, siedziba gminy żydowskiej oraz przez pewien czas gminne mieszkanie rabinaKonferencja w TNP: Synagoga płocka - gazeta.pl, 10.09.2007 (Ostatnia aktualizacja: 10.09.2007). W 1839 roku ze względu na fatalny stan techniczny, decyzją gubernatora miała zostać otynkowana. Stało się to jednak dopiero w 1857 roku. Wtedy budynek uzyskał wygląd, jaki zachował się do dziś. Zmieniło się tylko pokrycie dachu. Dawniej były tam ciężkie dachówki esówki, w czasie I wojny światowej zastąpiła je blacha, która była lżejsza i nie obciążała tak zniszczonej konstrukcji dachu.
II wojna światowa i lata 1945-1990 Podczas II wojny światowej hitlerowcy doszczętnie zdewastowali wnętrze synagogi. W biurach gminy od grudnia 1939 roku mieściła się siedziba Judenratu. Po zakończeniu wojny, 22 lutego 1945 roku w budynku odbyło się pierwsze zebranie Żydów płockich. Na spotkanie przybyły 22 osobyHubert Woźniak, Bożnica czeka już na pozwolenie na budowę - gazeta.pl, 18.02.2008 (Ostatnia aktualizacja: 18.02.2008). Wówczas zwrócono się do władz o zalegalizowanie Komitetu Żydowskiego w Płocku, który starał się o przeznaczenie Wielkiej Synagogi na izbę pamięci. Pomysł jednak nie doszedł do skutku. W 1949 roku Komitet przeznaczył synagogę na Spółdzielnię Krawiecko-Dziewiarsko-Pończoszniczą im.