Organy te posiadają swoją własną strukturę i podlegają bezpośrednio swoim prezesom albo odpowiednim ministrom, z pominięciem administracji wojewódzkiej.
Przykładem podziału specjalnego jest używany w Czechach dla potrzeb policji czy prokuratury podział kraju na powiaty (czes. okres), niebędące od 1 stycznia 2003 jednostką podziału administracyjnego Republiki Czeskiej. W Polsce przykładem takiego podziału może być podział kraju na 17 Regionalnych Dyrekcji Lasów PaństwowychRegionalne Dyrekcje Lasów Państwowych, a w okresie międzywojennym, kiedy kolej i poczta stanowiły organy administracji państwowej, przykładami takiego podziału były dyrekcje kolei państwowych oraz dyrekcje poczty.
W okresie przedwojennym skala stosowania podziałów specjalnych (zwanych także resortowymi) była większa niż współcześnie. Odrębną strukturę organizacyjną posiadały resorty Spraw Wojskowych, Sprawiedliwości, Skarbu, Poczt i Telegrafów, Reform Rolnych (do 1932) w całości, a częściowo resorty Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, Przemysłu i Handlu, Komunikacji i Opieki SpołecznejTadeusz Maciejewski Historia administracji, C.H. Beck, Wydanie II, Warszawa 2006, , str. 270.