W roku 1553 franciszkanin powrócił do Hiszpanii. Przebywał początkowo w odosobnieniu, a następnie odbył daleką podróż na boso do Rzymu, gdzie papież pozwolił mu na zakładanie na Półwyspie Iberyjskim ubogich konwentów. By nie prowokować sprzeciwu obserwantów, miały się one znaleźć pod jurysdykcją generała franciszkanów konwentualnych. Piotr założył klasztory w Perdosa, Plasencia i w innych jeszcze miejscowościach. W roku 1556 utworzono z nich jednostkę administracyjną zwaną komisariatem, który z kolei był podwaliną nowej prowincji pw. Świętego Józefa. Autorem konstytucji dla nowej prowincji był Piotr z Alkantary. Zawierały one zaostrzone przepisy dotyczące życia wspólnotowego i osobistego braci. Reforma zapoczątkowana utworzeniem nowej prowincji została stopniowo przyjęta przez inne hiszpańskie i portugalskie prowincje. W roku 1562 założona przez Piotra z Alkantary prowincja została podporządkowana generałowi obserwantów. Z czasem powstały kolejne dwie nowe kustodie św. Jana Chrzciciela w Walencji oraz św. Szymona w Galicji.