Podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939 r. zorganizował w mieście ośrodek przetaczania krwi. Został zmuszony do zamieszkania w getcie warszawskim. Tam pomagał w walce z chorobami, stojąc na czele Rady Zdrowia Judenratu. Prowadził także wykłady na kursie przysposobienia sanitarnego kierowanym przez Juliusza Zweibauma, pracował naukowo, a także – dzięki szczepionce przekazanej przez Rudolfa Weigla ze Lwowa, nielegalnie przemyconej do getta – leczył chorych na tyfus plamisty. W lipcu 1942 r., dzięki pomocy rodziny Potockich, uciekł z getta na stronę aryjską (wyjście w przebraniu z grupą robotników pracujących poza murami). Przez pewien okres ukrywał się pod zmienionym nazwiskiem (z żoną i córką) w domu przedwojennej koleżanki, Laury z Przedpełskich, żony Mariana Keniga, a później w Wiślicy, w Starej Miłośnie k. Warszawy, u gospodarza Stanisława Kaflika w Klembowie koło Tłuszcza i w innych miejscach. Udawał urzędnika-dezynfektora, zmęczonego starszego pana, który pomaga żonie w zajęciach gospodarskich. W tym okresie analizował statystykę lekarską, pisał podręcznik immunologii, czytał dzieła Shakespeare’a w oryginale. W 1943 roku (po śmierci córki) spisał swoją autobiografię, która ukazała się w roku 1946 pt.