Od chwili zajęcia całego kraju przez wojska Rzeszy Niemieckiej i ZSRR okręty Marynarki Wojennej stały się jedynym wolnym terytorium podbitego państwa polskiego. Dzięki nim, po zajęciu kraju przez wojska dwóch agresorów Polska jako państwo istniejące de iure nie przestała egzystować de facto, zgodnie z prawem międzynarodowym okręty wojenne są bowiem uznawane za cząstkę terytorium państwa, którego noszą banderę, i nie podlegają jurysdykcji żadnego innego państwa (handlowe statki tej jurysdykcji podlegają). thumb|Odznaka specjalna Od 1939 do 1947 roku Marynarka Wojenna funkcjonowała w ramach polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie, a jej skład opierał się na wydzierżawionych od Wielkiej Brytanii jednostkach, głównie niszczycielach i okrętach podwodnych. W tym czasie polskie okręty działały na Oceanie Atlantyckim oraz Morzu Śródziemnym, Północnym i Arktycznym, biorąc udział m.in. w konwojach atlantyckich i arktycznych oraz lądowaniu w Normandii.