Okupacja szwedzka okazała się krótkotrwała i mało uciążliwa. W 1705 roku piąty ordynat Tomasz Józef przeszedł na stronę Augusta II i został zobowiązany do utrzymywania rosyjskiej załogi w sile tysiąca żołnierzy. Oddział ten opuścił twierdzę w maju 1706 roku.
Współpraca z obozem saskim nie uchroniła dóbr ordynacji od szkód wyrządzanych przez rosyjskich sojuszników. Jesienią 1706 roku na Zamojszczyznę przybył oddział generała Baura, który wbrew rozkazom zamierzał przezimować w murach Zamościa. Po otrzymaniu odmownej odpowiedzi od żony ordynata, Baur rozpoczął przygotowania do szturmu. W celu zapobieżenia planom generała, ordynatowa zaprosiła go na rozmowę do pałacu. Podstępny dowódca opracował plan wdarcia się do twierdzy i przystąpił do jego realizacji. Po zakończeniu rozmów Baur udał się karetą w kierunku bramy. W chwili gdy przez nią przejeżdżał, kazał zatrzymać pojazd, blokując tym samym wierzeje. W tej chwili jego żołnierze wpadli do środka. Tylko dzięki błyskawicznej reakcji polskiej załogi, która nie dopuściła do wdarcia się większej liczby Rosjan oraz skutecznemu kontratakowi udało się opanować sytuację.