W ostatnim etapie wojny Zamość odgrywał rolę więzienia dla wysokich oficerów szwedzkich. Spośród zamojskich więźniów najznamienitszym był feldmarszałek Arvid Wittenberg, który zmarł w niewoli z przyczyn naturalnych (wrzody w przełyku). Podczas potopu szwedzkiego twierdza okryła się wielką sławą, bowiem obok Jasnej Góry, Gdańska i Twierdzy w Łańcucie tylko ona oparła się najeźdźcom z północy. Trzeba jednak przyznać, że jej oblężenie było krótkotrwałe i miało nieporównanie mniejsze znaczenie niż obrona jasnogórskiego klasztoru.
W okresie wojny północnej thumb|Kojec pomiędzy dawnymi bastionami IV i V XVIII wiek to okres upadku znaczenia twierdzy, jak i całej Rzeczypospolitej. Wojna północna nie oszczędziła także Zamościa. 11 lutego 1703 roku rozpoczęła się trwająca zaledwie tydzień blokada prowadzona przez wojska szwedzkie pod dowództwem generała Stenbocka. Jednak już w roku następnym Szwedzi powrócili i to znacznymi siłami. Niewielka, licząca zaledwie 260 ludzi załoga ordynackaKażdy właściciel ordynacji był zobowiązany do utrzymywania w twierdzy stałego oddziału wojskowego liczącego zazwyczaj około 200 ludzi. nie mogła stawić skutecznego oporu przeciwnikowi. W związku z tym nieuniknionym stało się poddanie twierdzy.