Lynch i wsp. w 1966 roku opisali historię naturalną dwóch dużych rodzin (N. i M.) ze Środkowego Zachodu USA. Klinicznie rodziny te przypominały opisaną przez Warthina rodzinę G. Dr A. James Frencz, następca Warthina na stanowisku przewodniczącego wydziału patologii University of Michigan, dowiedział się o pracy Lyncha i przypomniał zapomniane prace Warthina. Lynch odwiedził wówczas Francję by zbadać cały dorobek naukowy Warthina: próbki preparatów patologicznych, dokumentację pacjentów i prace, dokumentowane przez Warthina przez ponad 30 lat. Rodzinę G. ponownie zbadano i opublikowano wyniki. Nazwa zespół Lyncha funkcjonuje od lat 80.; wcześniej schorzenie było nazywane „zespołem raka rodzinnego” (cancer family syndrome, CFR). W 2000 roku u rodziny G. stwierdzono dziedziczoną przez pokolenia mutację w genie MSH2.
Epidemiologia HNPCC stanowi około 1-3% wszystkich raków jelita grubego. Średni wiek wystąpienia nowotworu złośliwego jelita grubego wynosi około 44 lata. Zespół wiąże się z 80% ryzykiem zachorowania na raka jelita grubego.