Latem 2004 nowy trener Dinama Đuro Bago nie widział dla Cesara miejsca w składzie i ten został wypożyczony do słoweńskiej Olimpiji Lublana, w której spędził pół roku, a na wiosnę był już ponownie piłkarzem klubu z Zagrzebia, w którym rozgrywając 11 meczów i zdobywając 1 bramkę (swoją pierwszą ligową w karierze), a Dinamo zajęło dopiero 7. miejsce w lidze, co było uznawane za wielką porażkę tego klubu, ale Cesara uznano za jednego z tych piłkarzy, który nie zawiódł.
Wydawało się, iż na kolejny sezon Boštjan będzie dalej zawodnikiem Dinama (rozegrał nawet 5 ligowych meczów zdobywając 2 gole), jednak tuż przed zamknięciem letniego okna transferowego przeszedł za 2,5 miliona euro do francuskiego Olympique Marsylia. W OM zadebiutował w 7. kolejce Ligue 1 w wygranym 2:1 meczu z Troyes AC. W marsylskim klubie konkurencja w obronie była jednak ogromna, wystarczy wymienić takie nazwiska jak Jérôme Bonnissel, Taye Taiwo, Frédéric Déhu czy Abdoulaye Meïté, ale Cesar wywalczył miejsce w pierwszej drużynie, a pod koniec sezonu odniósł ciężką kontuzję głowy, która wyeliminowała go z gry na kilka miesięcy. Rozegrał 17 meczów w lidze i dostał aż 7 żółtych kartek, będąc jednym z najostrzej grających obrońców w Ligue 1. Olympique zajęło 5. miejsce w lidze kwalifikując się do Pucharu Intertoto.