Już przed 1524 r. do Grudziądza docierały idee reformacji luterańskiej, które stopniowo przyjęła większość mieszkańców. Wprawdzie przyjmuje się, że w 1540 r. powstała szkoła ewangelicka, jednak rada miejska w jednoznaczny sposób opowiedziała się po stronie protestanckiej dopiero w latach 1552–1553. Parafia ewangelicka (luterańska) została zorganizowana w 1563 r., a w 1569 r. Grudziądz otrzymał od króla Zygmunta Augusta przywilej wolności wyznania. Od tego momentu aż do 1598 r. protestanci przejęli wszystkie kościoły w mieście oraz uzyskali kilkukrotnie odnawiany królewski przywilej odprawiania nabożeństw w sali ratusza, stając się dominującym wyznaniem. W późniejszym okresie, w ciągu XVII-XVIII w. dochodziło w mieście do sporów religijnych. Strona katolicka w dobie kontrreformacji sprowadziła do miasta zakony jezuitów i benedyktynek, a w połowie XVIII w. reformatów. W połowie XVII wieku powstało kolegium jezuickie, w którym kształciła się młodzież szlachecka i mieszczańska. Dziewczęta mogły pobierać nauki w przyklasztornej szkole benedyktynek.