Spowodowało to wybuch wojny trzynastoletniej. Toczyła się ona ze zmiennym szczęściem, ale Grudziądz przez cały jej okres pozostał w rękach polskich.

Panowanie Jagiellonów i I Rzeczpospolita W pierwszych dniach marca 1455 roku oddziały zakonne podeszły pod Grudziądz i spaliły przedmieścia, ale nie zdecydowały się na atak na miasto. W wyniku drugiego pokoju toruńskiego Grudziądz wraz z całymi Prusami Królewskimi został uznany częścią Korony Polskiej za panowania dynastii Jagiellonów. Grudziądz, jako miasto królewskie, znalazł się w województwie chełmińskim. Komturstwo grudziądzkie zostało przekształcone w starostwo, którego starostami początkowo były osoby dzierżawiące miasto od króla. W XVI wieku miasto w pełni przezwyciężyło kryzys trwający od początku wojen polsko-krzyżackich i stało się ważnym ośrodkiem handlowym. Ranga Grudziądza zwiększyła się w związku z odbywającymi się w nim zjazdami Rady Pruskiej, a od 1526 roku – sejmikami generalnymi Prus Królewskich. W mieście przebywali m.in. Mikołaj Kopernik, Zygmunt August, Stefan Batory.