Ceremonię, która odbyła się w nieukończonej jeszcze dolnej cerkwi, poprowadzili arcybiskup wileński i litewski Nikander i biskup chełmski Eulogiusz. Na pogrzebie oprócz wyznawców prawosławia obecni byli również katolicy i Żydzi.
Prace w tej części świątyni zostały ukończone w 1906, a jej konsekracji 1 listopada 1906 dokonał protoprezbiter Pawieł Kallistow. W czasie ceremoniiA. Misijuk, Parafia prawosławna św. Jana Klimaka w Warszawie na Woli, s. 179. w prezbiterium dolnej cerkwi ustawiono święty stół (cs. prestoł), który umieszczono nad miejscem pochówku arcybiskupa Hieronima. Nagrobek Iwana Ekziemplarskiego znalazł się natomiast w południowo-wschodniej części cerkwi. Następnego dnia Świętą Liturgię w cerkwi odprawili arcybiskup wileński i litewski Nikander oraz biskup chełmski Eulogiusz. Uroczyste Święte Liturgie w intencji fundatora odbywały się codziennie jeszcze przez tydzień, po czym postanowiono, że w dolnej cerkwi nabożeństwo takie będzie miało miejsce w każdą środę (w tym dniu tygodnia zmarł arcybiskup).
1915–1939 W 1915 wszyscy kapłani prawosławni pracujący w Warszawie zostali ewakuowani, w związku z czym cerkiew św. Jana Klimaka została zamknięta. Opiekował się nią sługa cerkiewny Nikanor Skibin.