Na mocy służącego cesarzom prawa patronatu cesarz Franciszek I Habsburg 3 listopada 1815 utworzył w Preszowie greckokatolicką eparchię obejmującą obszar wikariatu koszyckiego. Liczyła ona wtedy 194 parochie ze 150 tysiącami wiernych i podlegała metropolii ostrzyhomskiej. 21 września 1818 papież Pius VII bullą Relata semper zatwierdził nowo utworzone biskupstwo i na pierwszego biskupa preszowskiego powołał Grzegorza Tarkoviča. W granicach eparchii preszowskiej znaleźli się niemal wszyscy katolicy obrządku bizantyjskiego zamieszkujący tereny dzisiejszej Słowacji – wówczas jeszcze w większości Rusini. Tylko środkowa i południowa część Zemplína pozostała w eparchii mukaczewskiej. Kolejni biskupi zajmowali się budownictwem sakralnym, szkolnictwem i dobroczynnością. Na przełomie XIX i XX wieku, szczególnie za czasów biskupa Istvana Nováka, węgierska cerkiew greckokatolicka podlegała intensywnej madziaryzacji i latynizacji – wprowadzono język węgierski do szkół i cerkwi, zastąpiono cyrylicę alfabetem łacińskim.