Sugerowano, że polipy tworzą się u pacjentów z PJS w miejscach powtarzanych urazów. Opisano przypadek pacjenta z PJS bez polipowatości i współistniejącą łuszczycą, u którego plamista hiperpigmentacja występowała w niezwykłych lokalizacjach (kark, łokcie, potylica, pośladki), korelujących z wcześniejszymi miejscami blaszek łuszczycowych. Stąd przypuszczenie, że hiperpigmentacja również może być indukowana urazem lub stanem zapalnym, hamującym w nieznany sposób transport barwnika z melanocytów do keratynocytów.
Objawy kliniczne i przebieg thumb|Melanoza w zespole Peutza-Jeghersa Obraz histologiczny polipa hamartomatycznego u pacjenta z potwierdzonym rozpoznaniem zespołu Peutza-Jeghersa. Widać nasiloną proliferację miocytów gładkich i ich charakterystyczny, drzewkowaty układ|thumb Cechą charakteryzującą zespół Peutza-Jeghersa są hamartomatyczne polipy w przewodzie pokarmowym, którym towarzyszy charakterystyczna pigmentacja skóry i błon śluzowych – mnogie plamy soczewicowate (lentiginosis). Polipy występują przede wszystkim w jelicie cienkim (64%, w kolejności występowania: jelito czcze > jelito kręte > dwunastnica), a także w okrężnicy (53%), żołądku (49%) i odbytnicy (32%) PDF.