W 1934 roku był kierownikiem politycznym puczu lipcowego mającego obalić rząd Engelberta Dollfußa, który choć zakończył się śmiercią kanclerza, to nie doprowadził do zmiany władzy w Austrii. Po niepowodzeniu zamachu stanu Wächter był zmuszony uciekać do nazistowskich Niemiec, gdzie odbył służbę wojskową w Wehrmachcie. W 1935 roku odebrano mu obywatelstwo austriackie i nadano obywatelstwo niemieckie. W 1937 roku rozpoczął pracę w organizacji pomocowej dla austriackich narodowych socjalistów szukających schronienia w Berlinie.

Dzień po aneksji Austrii przez nazistowskie Niemcy, 12 marca 1938 roku, Wächter powrócił do Wiednia, gdzie w okresie od 24 maja 1938 roku do 30 kwietnia 1939 roku piastował stanowisko komisarza państwowego w „Ministerstwie Likwidacji” pod przewodnictwem niemieckiego namiestnika Austrii, Arthura Seyss-Inquarta. Kierowany przez niego organ rządowy, znany jako „Wächter-Kommission”, odpowiadał za zwalnianie lub przymusowe odsyłanie na emeryturę austriackich urzędników, którzy nie chcieli podporządkować się nowemu reżimowi nazistowskiemu.