Ponieważ jednak władze Austrii już przed Anschlussem były bardzo antysemickie, tych zwolnień było niewiele.
Jeszcze w czasie trwania kampanii wrześniowej, 26 września 1939 roku, otrzymał stanowisko gubernatora dystryktu krakowskiego w Generalnej Guberni, które pełnił do 22 stycznia 1942 roku. 18 grudnia 1939 przybył do Bochni aby obserwować masową egzekucję 52 osób cywilnych.
Na rozkaz Wächtera 3 marca 1941 roku zostało założone getto dla ludności żydowskiej w Krakowie. Od 1 lutego 1942 do lipca 1944 roku był gubernatorem Dystryktu Galicja.
Jest odpowiedzialny za eksterminację ludności żydowskiej i polskiej na terenie podległych sobie dystryktów GG, a także za kradzieże i wywóz bezcennych polskich dóbr kultury wywożonych z Generalnego Gubernatorstwa (przeważnie z Krakowa) do Austrii.
Był zwolennikiem utworzenia przy współudziale nacjonalistów ukraińskich (Andrij Melnyk) złożonej z ochotników ukraińskich 14 Dywizji Grenadierów SS (potocznie SS-Galizien). 28 kwietnia 1943 wziął udział w uroczystościach inaugurujących powstanie dywizji we Lwowie. Stronę ukraińską reprezentował Wołodymyr Kubijowycz. Uroczystości odbyły się w katedrze św. Jura. Odprawiono nabożeństwo, które celebrował ks. biskup Josyf Slipyj, a kazanie wygłosił ks. mitrat Wasyl Łaba.