Figurę przeniósł do kaplicy (15 sierpnia 1837) arcybiskup Stanisław Choromański.
W 1846 zostały gmachy frontowe zupełnie wyporządzone i cały kościół ślicznym kamiennym kolorem obciągnięty został, sprzed kościoła usunięte zostały barierki, a chodnik pokryty smołowcem.
Po 1864 zaprzestano przyjmowania do nowicjatu nowych braci.
Kościół został spalony w 1944 roku. Zniszczeniu podczas wojny uległ dach, ocalały mury oraz dzwonnica. W 1945 roku Biuro Odbudowy Stolicy urządziło w budynku składnicę przedmiotów wydobywanych z gruzów Starego Miasta. Renowacja świątyni miała miejsce w latach 1946–1962.
29 kwietnia 1949, podczas budowy Trasy W-Z, biegnącej tunelem pod Krakowskim Przedmieściem, ul. Senatorską i Miodową, zauważono osuwanie się skarpy wiślanej. Apsyda i część prezbiterium świątyni znalazły się w ruchu. Do prac zabezpieczających, które trwały dzień i noc, zmobilizowano ok. 400 osób. Akcją kierował Wacław Żenczykowski. Wykorzystano metody zeskalania podłoża opracowane przez Romualda Cebertowicza. Grunt wokół budowli umocniono żelbetowymi słupami i elektroosmozą, fundamenty opasano żelbetowym wieńcem, a od strony wykopu kościół podparto betonowymi skarpami. Zastrzyki cementowe pod ciśnieniem ok. 8 atmosfer wykonano na głębokości ok. 8 metrów w 120 miejscach. Całość robót zakończono 18 maja, tj. po 20 dniach.