Stanisław Kostka Potocki, przy poparciu króla Stanisława Augusta i walnym udziale mieszczanina warszawskiego Józefa Kwiecińskiego, zebrał fundusze na przebudowę fasady kościoła. Tenże Kwieciński ufundował także kaplicę Matki Bożej Sokalskiej i wyznaczył fundusz dla ogrzewania jej (kaplicy) w czasie zimy. Fasadę zaprojektował i nadzorował prace (1778–1788) Piotr Aigner.
9 maja 1794, po zdjęciu święceń kapłańskich, przed kościołem został powieszony skazany na karę śmierci targowiczanin biskup inflancki Józef Kazimierz Kossakowski.
Prusacy założyli przy kościele odwach. W latach 1819−1821 Piotr Aigner przebudował ceglaną dzwonnicę świątyni na kampanilę w formach renesansu włoskiego zwieńczoną glorietą, a po przeciwnej stronie fasady dobudował pierzeję odwachu z dwiema kondygnacjami kolumnowo-arkadowych krużganków.
Ks. Franciszek Morański w 1830 położył fundamenty pod kaplicę Loretańską, w której umieszczono obraz przeniesiony wcześniej z kaplicy Loretańskiej przy klasztorze bernardynów na Pradze. Nad kaplicą umieszczono rzeźbę Matki Bożej dłuta Tadeusza Czajkowskiego.