Ze względu na swoje położenie w bliskim sąsiedztwie czterech spośród głównych uczelni Warszawy: Uniwersytetu Warszawskiego, Akademii Sztuk Pięknych, Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina oraz Akademii Teatralnej, świątynia od 1928 pełni funkcję kościoła akademickiego (od 1815 pełnił ją kościół Wizytek). Obecnie nazywany jest Centralnym Ośrodkiem Duszpasterstwa Akademickiego.
W 1965 roku świątynia wraz z zespołem klasztornym bernardynów została wpisana do rejestru zabytków.
3 czerwca 1979 Jan Paweł II odbywający swą pierwszą pielgrzymkę do ojczyzny spotkał się z młodzieżą, wygłosił homilię i poświęcił przyniesione przez młodzież krzyże. Wydarzenie to upamiętnia tablica przy wejściu do kościoła.
Na dzwonnicy znajduje się dostępny dla zwiedzających taras widokowy.
Architektura świątyni Wielokrotnie przebudowywany (1518–1533, ok. 1620 i 1660–1667) jest mieszanką różnych stylów architektonicznych: prezbiterium jest gotyckie, orientowane (zwrócone w kierunku wschodnim), trójścienne. Wnętrze zostało zbarokizowane w latach 1750–1753, a późnobarokowe polichromie wykonał bernardyn ks. Walenty Żebrowski. Fasada w 1788 uzyskała styl klasycystyczny, zaś dzwonnica z 1818 zbudowana jest w stylu neorenesansowym. W 1830 roku zbudowano kaplicę Loretańską.