Jest to kościół jednonawowy, z licznymi bocznymi ołtarzami, mającymi funkcję grzebalną.
W przylegającym do kościoła, wzniesionym w 1514 przez Jana z Komorowa budynku klasztornym, w krużganku prowadzącym do zakrystii, można obejrzeć jedyne zachowane w Warszawie sklepienie kryształowe.
Duszpasterze związani z kościołem (m.in.) bł. Władysław z Gielniowa Edward Szwejnic (rektor 1928–1934) – pierwszy oficjalny duszpasterz akademicki w Warszawie (od 4 stycznia 1928) bł. Edward Detkens prymas Józef Glemp Józef Gniewniak Zygmunt Malacki Piotr Pawlukiewicz Jerzy Popiełuszko Bogdan Bartołd
Warszawska Akademicka Pielgrzymka Metropolitalna
Od 1981 roku z kościoła wyrusza piesza pielgrzymka do sanktuarium na Jasnej Górze.
Upamiętnienia Tablica upamiętniająca bł. Władysława z Gielniowa na fasadzie świątyni. Tablica upamiętniająca spotkanie Jana Pawła II z młodzieżą 3 czerwca 1979 na fasadzie świątyni. 10 listopada 2010 roku w Kaplicy Loretańskiej kościoła umieszczono Krzyż sprzed Pałacu Prezydenckiego w Warszawie. 25 listopada 2012 roku w kościele