Karola Boromeusza pędzla Józefa Walla (Wahla) (1752/1753?–1798), dar prymasa.
W latach 1820 i 1837 odbyły się remonty świątyni – przybył obraz Wniebowzięcia NMP pędzla Józefata Łukaszewicza oraz wyjście na cmentarz.
Po zamknięciu cmentarzy świętokrzyskiego i ujazdowskiego w kościele odbywały się liczne pogrzeby i zaszła konieczność kolejnego remontu. W okolicy zlokalizowanej pierwotnie poza rogatkami miasta zaczęły się pojawiać rodziny wojskowych, kupców i rzemieślników. W 1849 roku rozpoczęła się przebudowa pod kierunkiem architekta Alfonsa Kropiwnickiego, a nadzór nad całością powierzono Alfonsowi Welke. Przedłużono świątynię w kierunku południowym, wzniesiono trzy nowe ołtarze, poddano renowacji obraz Wahla. 22 września 1850 odbyła się uroczysta konsekracja odnowionego kościoła.
Pod koniec XIX w. odbywała się tu tak duża liczba pogrzebów (pomimo otwarcia cmentarza na Bródnie), że zaszła konieczność dalszej rozbudowy świątyni, a w zasadzie budowy nowej. Jako że na uzyskanie pozwolenia rosyjskiego cara i władz wojskowych nie można było liczyć, pod pretekstem rozbudowy w latach 1891–1898 zbudowano praktycznie nową świątynię według planów i pod kierunkiem Józefa Piusa Dziekońskiego. Rozebrano mury świątyni, zostawiając jedynie nietkniętą fasadę.