Dzięki temu powstał sześciokrotnie większy kościół, wzniesiony na planie krzyża łacińskiego z kopułą umieszczoną na bębnie nad przecięciem nawy głównej i transeptu. Odbudowano też prezbiterium, zakrystię oraz dwie wieże, pełniące rolę dzwonnic. Zaprojektowano także nowe ołtarze.
W tym stanie kościół przetrwał aż do II wojny światowej, kiedy w czasie powstania warszawskiego Niemcy zlokalizowali na cmentarzu stanowisko ciężkiej artylerii. Spadające bomby wznieciły pożar, w wyniku którego spadła kopuła, zniszczeniu uległa dzwonnica, część dachu i organy, a zabytkowe dzwony spadły z wieży i stopiły się.
Powojenną konserwację kościoła pod nadzorem architekta Stanisława Marzyńskiego ukończono dopiero w 1960. Celem jej było przywrócenie kościoła do stanu po przebudowie przez Józefa Piusa Dziekońskiego, co zostało osiągnięte z wyjątkiem polichromii we wnętrzu, których ocalałe fragmenty odnowił prof. Władysław Zych.
W 1965 roku świątynia została wpisana do rejestru zabytków.
W 1978 roku erygowano nową parafię pw. św. Karola Boromeusza.